In Kaiseraugst gehören rund 30 % der Einwohnerschaft der römisch-katholischen Konfession und rund 26 % der reformierten Konfession an. Der dritten offiziellen Landeskirche im Kanton Aargau, der christkatholischen Konfession, gehören rund 1.5 % an. Lediglich diese drei Konfessionen sind im Kanton Aargau befugt, Steuern zu erheben. Rund 27 % der Kaiseraugster Einwohnerschaft sind konfessionslos. Die restlichen Einwohner gehören einem anderweitigen Glauben an.

Kaiseraugst verfügt über folgende Kirchen:

• Christ-katholische Kirche
• Römisch-katholische Kirche
• Reformierte Kirche